El máximo órgano de dirección del IEPA es su Consejo Directivo que es elegido cada dos años por la asamblea general de asociados. A continuación, los miembros del Consejo Directivo para el periodo 2017-2019
Luis Meléndez Guerrero
Director General
Antropólogo
lmelendezg@iepa.org.pe
Alonso Burgos Cisneros
Director de asuntos académicos
Antropólogo
aburgos@iepa.org.pe
Sandra Tagle García
Dir. de Asuntos administrativos
Economista
stagle@iepa.org.pe
Anthony Medina Rivas Plata
Dir. de Cooperación Intern.
Politólogo
amedina@iepa.org.pe